ظهور مذهب پروتستان در اوایل قرن شانزدهم میلادی، شكاف عمیقی بین پیروان مسیحیت به وجود آورد و كاتولیك ها و پروتستان ها در طول سده های پس از آن، بارها با هم به نزاع و نبرد پرداختند. یكی از جنگ های معروف طرفداران پروتستان با كاتولیكْ مذهبان، در دهه دوم قرن هفدهم میلادی به وقوع پیوست و در حدود سی سال به طول انجامید. در روز 23 مه 1618م، پروتستان های چك كه از محدود شدن آزادی هایشان توسط فردیناند دوم، امپراتوری مقدس روم نگران بودند، دو فرستاده وی را به قتل رساندند و به این ترتیب جنگ های سی ساله مذهبی در اروپا آغاز شد. این جنگ ها كه عمدتاً در آلمان روی داد، فراز و نشیب های زیادی داشت. در طول جنگ، كشورهای فرانسه، سوئد و دانمارك در حمایت از پروتستان ها و دولت اسپانیا و امپراتوری روم به طرفداری از كاتولیك ها وارد جنگ شدند. جنگ های سی ساله مذهبی اروپا در نهایت، با انعقاد پیمان وِسْتْفالی در سال 1648م خاتمه یافت، اما اسپانیا و فرانسه تا امضای پیمان پیرْنِه در سال 1659م با هم درگیر بودند. جنگ های سی ساله، علاوه بر ویرانی و تجزیه آلمان و نیز تضعیف امپراتوری مقدس روم، قدرت یافتن فرانسه را در پی داشت. در این جنگ ها اگر چه نزاع دیرینه دو مذهب كاتولیك و پروتستان نقش مهمی داشت، اما عواملی چون اختلاف های ارضی و سیاسی دولت های این قاره نیز در شروع و ادامه جنگ، بسیار مؤثر بود. از نتایج مهم این جنگ ها، پایان نسبی درگیری های مذهبی پروتستان ها و كاتولیك ها و آغاز رشد جریان های ناسیونالیستی و ملی گرایى و نژادپرستی در اروپا بود. در كنار این تاثیرات، تفكر جدایى دین از سیاست نیز سر برآورد. به عبارتی، یكی از وقایع مهم اجتماعی كه زمینه جدایی نهاد دینی را از سیاست فراهم ساخت، همین جنگ ها و پیمان وِسْتْفالی بود. در این پیمان قرار بر این شد كه قدرت اقتصادی كلیسا تضعیف شود و به تعبیری، مراكز اقتصادی كه در سلطه كلیسا بودند از نفوذ كلیسا خارج گردند.
